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蛋白磷酸化指蛋白質(zhì)肽鏈上特定氨基酸共價(jià)結合磷酸基團的過(guò)程，結合磷酸基團的氨基酸的種類(lèi)以及其處于多肽鏈中的位置就稱(chēng)為磷酸化位點(diǎn)。真核生物的磷酸化主要發(fā)生在絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸等氨基酸殘基上，而原核生物磷酸化主要發(fā)生在組氨酸、精氨酸和賴(lài)氨酸等殘基上。

利用液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)LC-MS-MS鑒定磷酸化位點(diǎn)需要先鑒定發(fā)生磷酸化的肽段，在此基礎上進(jìn)行磷酸化位點(diǎn)分析?；贚C-MS-MS的磷酸化位點(diǎn)鑒定中，利用蛋白酶將蛋白質(zhì)樣品消化成小片段肽段，由于正常生理條件下磷酸化水平較低，磷酸化肽段豐度也較低，為了提高實(shí)驗的靈敏度和準確性，通常需要對磷酸化的肽段進(jìn)行富集再進(jìn)行液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜分析。串聯(lián)質(zhì)譜會(huì )測量完整的肽質(zhì)量和碎片離子質(zhì)量，通過(guò)分析肽段分子質(zhì)量是否增加了磷酸酯基團的質(zhì)量數來(lái)判定該肽段磷酸化與否。在某些情況下檢測到的磷酸化肽段只含有一個(gè)絲氨酸、蘇氨酸或酪氨酸殘基，那么這個(gè)氨基酸位點(diǎn)即是磷酸化位點(diǎn)，當檢測到的磷酸化肽段含有多個(gè)氨基酸殘基時(shí)，則需要進(jìn)行二級質(zhì)譜確定磷酸化的氨基酸位點(diǎn)。

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